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阿笠博士家的洗浴设备坏掉了，因此柯南、小兰和小哀一起去了浴池。柯南却在浴池里不慎滑倒并晕了过去。有两名奇怪的男子自称愿意带柯南去医院，带柯南上了他们的车。其中一名面相凶恶、纹有纹身的男子名叫龙，另一名男子虽然没有自报姓名，其身份却是传说中的杀手近藤！其实这两人来到温泉是为了完成一项隐秘的任务。他们认为柯南在怀疑他们并且已经察觉到了什么，于是决定把柯南带走并除掉。然而柯南睁开双眼时，却因为头部受到碰撞而失去了记忆。

动画「端脑」改编自国内漫画家壁水羽的同名漫画，故事从一个看似普通实则充满不可思议的未解杀人案开始，盘根错节，步步惊心，主人公们身陷其泥淖深渊无法逃脱，只有反守为攻寻找真相。就在主人公们锲而不舍的追查中，他们逐步揭开了掩藏在整个宇宙中的巨大秘密……而“端脑”正是被用来描述由两个平行宇宙空间所构成的庞大系统。