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江户川柯南和毛利兰、灰原哀一起来到了公共浴池。在男浴池的更衣室柯南目击到2名可疑的男子，随后，在浴场摔倒失去了意识。于是令柯南感到可疑的男子阿辰和近藤借口将柯南送到医院把他用车带走了。柯南注意到，二人是黑社会中有名的人物，正在浴池执行秘密任务。听说柯南被送往医院的小兰和小哀在附近的医院拼命寻找，但并没有找到他。这时，小兰的手机收到了“我的伤没有大碍，不用担心。我要和认识的大哥哥去吃饭了”的邮件。这封邮件是用柯南所带的工藤新一的手机发送的。此时，毛利小五郎的侦探事务所收到了香苗调查丈夫外遇的委托。香苗提供的

年轻女医生Tatiana Yurievna因为使用具争议的技术而差点被吊销医师执照。但她被军方招募来到一个机密的研究机构，协助研究一个特别的案例，太空人Konstantin Sergeyevich。这位太空人历经神秘的太空意外后幸存返回地球，体内却多了外星生物，而且这个神秘生物只在深夜时现身。军方想拥有这个外星生物进行邪恶的计划，但女医生只想阻止外星生物杀害太空人。