TVBS首部自制概念剧《飞越龙门客栈》改编自知名导演徐克的电影《新龙门客栈》，堪称是现代版的《新龙门客栈》。该戏不仅斥资5000万打造，电影版中张曼玉所饰演的金湘玉一角，在现代版更请到陈怡蓉来出马，让她笑说：“看来这次得到酒店观摩一下了。”

江湖中盛传得赤霄剑者得天下，而赤霄剑即将出现在大漠中的龙门客栈的消息也不胫而走，帮派、游侠、朝廷都被这虚无缥缈的消息吸引到了这一方小小客栈，尔虞我诈，波澜诡谲的故事即将在这里发生。

在湄州市社会主义新农村建设的重点工程——湄阴县旅游示范镇建设和移民新村建设中，昊伟集团董事长虞梦琳等人挪用补偿金，致使龙门冲镇的村民们无法及时领取补偿金，集体上访。此事引起市委、市政府的高度重视。为了惩治腐败、维护人民群众的利益，市委、市政府责成纪委监察局成立以市监察局长李之安为组长的调查组。李之安回到生他养他的龙门冲镇，在妻子身患尿毒症、女儿没有工作的情况下，他拒绝了虞梦琳等人送给他的金钱。虞梦琳等人见利诱不成便以暴力威胁他的家人，但李之安不为所动。在乡亲们的支持与帮助下，排除干扰、不徇私情，他带领调查

明朝中叶，宦官专政，民不聊生。 因一份神秘圣旨，东海将领周淮安护孤女曲灵来到龙门岛上的龙门客栈，等待中元节奉旨交人。 龙门客栈中，江湖际会，暗流涌动。东西两厂轮番上阵，掌柜金镶玉百般试探，刺客邱莫言从中搅局，周淮安深感此行目的愈发扑朔迷离。 中元节将至，龙门岛世代血咒惊现仙药之迷，东厂冯督主为谋得仙药杀害曲灵。 周淮安为家族荣耀顺从野心勃勃冯督主还是秉持内心正义奋起反抗? 一场正义与邪恶的生死较量就此展开。