万余年来，人灵两界征战不休，生灵涂炭，紫霄门掌门人秦阳明为维护人灵两界和平，历尽艰辛却始终未能达成心愿，而灵界凤夕灵尊为寻找自己的恋人宁采臣，发现秦阳明原来就是宁采臣的前世，决定留在这一世与秦阳明厮守，陪着秦阳明历经灵界、人界的几次战争，最后二人为了人灵两界不再杀戮，均献出生命进入新的轮回。

影片讲述主人公宁采臣为兰若镇教书先生，偶遇小倩被猎灵人追杀，小倩得宁采臣相救。宁采臣认为灵也有善恶之分，人灵是可以和平相处的。无奈灵界蛇灵姥姥意图复活已被封印多年的黑暗势力首领黑山，再次诛杀并统领人界，这无疑是一场人间灾难。宁采臣为保百姓不被生灵涂炭，毅然决定前往人灵交界处。

燕赤霞年轻时爱上了小倩，但出于猎妖师的责任，他只能忍痛割爱。他没有杀小倩，而是使之失忆。他和夏雪风雷联手对付黑山老妖，后者牺牲了左臂封住了老妖。某日，宁采臣被派到黑山村来帮村民寻找水源。村长等人明知山上有妖，却没有对他道出实情。在村民铁牙的陪同下，宁采臣带着一群死囚上山找水。当他们来到兰若寺，竟然发现了水源。而他也第一次遇到了小倩。两人一见钟情。此事被黑山老妖得知，严刑拷问。燕赤霞屡次劝阻宁采臣不要陷入人妖之恋，奈何后者与小倩情深意重，明知是妖，却屡屡犯险，毫无退意。燕赤霞感到纠结，而此时黑山老妖已经开始