宋仁宗年间，庐州有一聪明机智，却生就一副黑黝面容的青年，此人便是包拯，他屡破奇案，为人申冤，赢得众口称赞，包拯有一同窗同学，乃府尹之子公孙策，公孙策智慧过人，自视甚高，与包拯堪称一时瑜亮，然每次查案，皆败在包拯手下，令公孙策又妒又恨。包拯母亲沈氏，为一名大夫，开设了青天药庐，悬壶济世，闲时替官府做验尸工作，包拯的一切医理知识，皆沈氏传授，对日后的查案工作起了莫大帮助。全剧共由名扬天下、血祭坛、隐逸村之秘、殿前扬威、五鼠闹相国、魔法幻影、翻龙劫七个故事组成。

两年前，包拯忽接到一封信，便急急离开家园，之后便音讯全无。这些年里，每当有奇案发生，公孙策便会赶赴现场，目的其实是为了寻找包拯。因公孙策谙辽语，仁宗遂委公孙策为礼部侍郎​​，前往宋辽边境洽谈议和。在边境小镇，公孙策和展昭遇到了大包——失去记忆成为妓院小杂工的包拯。失忆后的包拯傻里傻气，常被妓院里的小丫鬟小蛮欺负。妓院老板及辽国大官相继神秘被杀，包拯找到了真凶，真凶欲杀包拯灭口，但他却因祸得福恢复了记忆。 公孙策领着包拯及小蛮回到京城，得仁宗召见。仁宗邀得东瀛高僧至中土论道，派包拯代替自己前往参神。东瀛高僧

京中横陇决堤，一宗贪污弊案由此牵出，为了找到贪污案幕后元凶，宋仁宗让昔日好友包拯出面。但此案牵涉到朝中权贵，背后真凶很狡猾，重重危机将包拯包围，而涉案证人又在紧要关头被人毒杀在密室，案件因此更加扑朔迷离。同时，包拯的左膀右臂公孙策也在此时患上眼疾，使得包拯更加孤立无援，想要破此奇案可谓非常不易。 该剧由《英雄本色》《义薄云天》《藏龙卧虎》《偷天换日》《石破天惊》《天罗地网》六个单元组成。承接上一部《少年包青天》的故事发展，包拯同公孙策、展昭、王朝、马汉等人继续为民请命，推理侦查，周旋于种种令人拍案叫绝的悬