故事发生在未来，由于来自月面的树木化成的怪物的袭击，那时的地球已经变得一片荒凉，人们不得不与森林共同生活，并且建立起了敌对的关系。不过本片主角阿基多所居住的中立都市则一直寻求着与森林共存的方法。在某一天，前往封禁之泉取水的阿基多遇到了沉睡了300多年的神秘少女，而自从两人相遇的那一瞬间，整个世界的命运就开始了剧烈的震动……

战争所带来的创伤和破坏，在东京仍然历历在目。在那里，一个青年从国外归来。这个后来被称为新十郎的青年，带着一个神秘的少年·因果。没有目标的新十郎，前去和东京检察厅的虎山泉接触。过去和现在交错在一起，在寻求真相的新十郎面前，有超越神的力量的“别天王”在阻拦。这是新十郎和因果的相遇开始，“败战侦探”最初的事件。

以日本著名文学家坂口安吾所作《明治开化安吾捕物帖》为蓝本，将这部时代剧作品放置在近未来舞台大胆重现的原创作品，讲述侦探二人组：被称为最后的名侦探的结城新十郎，以及他的搭档——不可思议的美少年因果的故事。