1947年初，国共双方决战在即。中国西南重镇重庆郊区的深山里，国民党秘密组织灰衣社的特工正在紧紧追杀一名中共特工，这名特工顽强的跳落悬崖，逃出敌人的包围，拼尽全力返回到接头地点，临死之前，他将一个惊人的消息转告给了重庆市地下党组织，“小猫”同志被关入了白山馆。原来，我党早已得到情报，国民党“灰衣社”正紧锣密鼓研制着一种大规模杀伤武器。

“扫黑风暴”继绿藤市之后席卷奎州，偏偏在督导组进驻的节骨眼儿上，李南北（肖央 饰）和俞青（范丞丞 饰）这对窝囊师徒竟意外抓获了潜逃多年的黑社会头目。一时之间，各方势力纷纷卷入，将矛头对准了于洪波（李诚儒 饰）和段毅（余皑磊 饰）带队的市公安局。黑恶势力正一步步进行着“合法洗白”，离奇旧案沉渣泛起，知名企业家、官员都被波及，调查过程历经生死，而对他们的考验，才刚刚开始。

1940年上海，丁一和顾仰山，一个是龙套演员，为生计做眼盲密码专家李约瑟的替身；一个是军统特工，将李约瑟误杀后，雇佣丁一继续冒充他，自己则扮作“助手”。他们在潮声剧团老板冼碧云的帮助下，潜伏进日军情报