宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物，在这个世界上，既有与人类共同生活的宝可梦，也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区，形单影只的皮丘遇见了袋兽母子，此后便与他们共同生活，并最终进化成了皮卡丘。几年后，生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到大木博士的邀请，参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。在此，小智在追逐幻之宝可梦洛奇亚的过程中与小豪相遇了。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了

情报科警察康道行在揭露警队内部黑警的过程中，为保护手下五名卧底的安全，毅然删除了他们的全部资料。然而，他遭遇不幸遇害身亡。好友卓凯接过他的遗志，通过留下的线索逐一寻找这五名卧底。卓凯首先找到了丁小嘉，她平时与三位养母经营足浴店，实为警方卧底。为了接近外围头目游达富的手下薛家强，丁小嘉在卓凯的指示下，故意制造事端，成功引起了游达富的注意，并顺利成为其手下。与此同时，第二名卧底连浩勤作为金融天才，被派入监狱接近社团头目覃欢喜。在游达富与覃欢喜的争斗中，连浩勤为救覃欢喜的独子被困。卓凯逐渐怀疑薛家强也是卧底，并