故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力

　　故事发生在未来，由于来自月面的树木化成的怪物的袭击，那时的地球已经变得一片荒凉，人们不得不与森林共同生活，并且建立起了敌对的关系。不过本片主角阿基多所居住的中立都市则一直寻求着与森林共存的方法。在某一天，前往封禁之泉取水的阿基多遇到了沉睡了300多年的神秘少女，而自从两人相遇的那一瞬间，整个世界的命运就开始了剧烈的震动……

故事设定为迪迦消失后的第8年—2017年主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球。在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举击败了超级胜利队的王牌飞行员由美村良，然而此时他却遇到了宇宙球体斯菲亚，虽然他驾驶战机奋力战斗，却寡不敌众。此时他看见了神秘的光，成为了在这个世界里继大古后的第二个光之巨人的人间体。