美妙旋律第三季故事是发生在第一季的七年以后、第二季的四年以后，美爱等人已经从pretty top毕业并且学有所成。本作将有别于前作，以平行世界的东京、原宿作为舞台，原本只以"流行"

「“悪徳領主”になって、好き勝手に生きてやる！」

自幼感情极好的乙骨忧太与祈本里香约好长大后要结婚，却不料里香因死亡车祸化为强大怨灵依附在忧太身边，为此所苦的忧太一心求死，之后在五条悟的带领下进入咒术高专结识了新同学：禅院真希、狗卷棘与熊猫，他决定在这里找到活下去的自信并解除里香的诅咒。意欲夺取里香强大怨灵力量的夏油杰宣布在12月24日举行「百鬼夜行」，在新宿与京都释出上千个诅咒。面临如此重大浩劫，忧太能否阻止夏油的野心并解开里香的诅咒？

别扭的，没有朋友，没有女朋友，对着那些讴歌青春的同学吐槽着“他们都是骗子，都在说谎，快点爆炸吧我”的男主角的爱情物语，将来的梦想是“不工作”—— 这样的高中生比企谷八幡被生活指导老师平冢静带到了学校第一美少女雪之下雪乃所属的“侍奉部”。“侍奉部”是一个暗中帮助学生们解决问题的部门，所以不对外招募部员，都是以介绍的方式为部门输送新鲜血液。进入了侍奉部的八幡，和与他有着完全相反血液的由比滨结衣，中二病全开的材木座义辉，网球部的可爱男孩子户冢彩加等人展开了一段段奇妙的故事。

永久、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女。年幼时期被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永久与刹那。永久通过了能穿越时代树时空的隧道，从战国时代来到了现代。她被阿篱所在的日暮家养育长大，成长为了一名精通武道的女初中生。与此同时，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是阿篱与犬夜叉的女儿，身为赏金猎人的她拥有“妖怪杀手诸叶”的绰号，每天也同样在做着除妖的工作。自从永久与刹那两人分开之后已过去10年，穿越时代树时空的隧道再度开启。永久与出现在现代的刹那重逢，但不知为何，刹

因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到了一个委托。随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来新的展

女高中生立花萤由于某起事件而半强迫地加入了生存游戏。她被牛郎以及工口漫画家等独具个性的伙伴们包围着，在毫无办法只得进行游戏的过程中感受到了生存游戏的魅力，并以大赛为目标……

故事讲述了不擅长与男生打交道的主人公吉冈双叶，在初中时代因受到男生欢迎而被其他女生排挤，而她特别在意的“田中君”却转校离开了。升入高中以后，她为了不被女生讨厌而故意做出一些粗心大意的举动，就在此时她与初恋对象“田中君”重逢了，可是初中转校后的“田中君”在性格上也发生了改变。