在人类与风共同生活的城市“风来城”，每年会举行一年一度的“风节”。在“风节”的最后一天，传说的宝可梦洛奇亚会现身，为人类送上“恩惠之风”。这是人类与洛奇亚多年以来的约定。小智和皮卡丘偶然到达风来城参加“风节”，遇上了宝可梦新手训练家利莎、喜欢吹牛的吹牛大叔卡戛其、没有自信的懦弱研究家托里托、讨厌宝可梦的怪婆婆翡翠，还有独自伫足森林的神祕少女拉茹果。他们5人各有各的烦恼，以至无法和自己的宝可梦拍档更进一步，作出改变。但随著大家的相遇，命运的齿轮开始转动了……

小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历。

怪盗基德通过一份预告信宣扬着他的高调回归，也表明了他本次的目标——两把东洼荣龙的短刀。作为怪盗基德一直以来的劲敌，名侦探柯南则对此发出疑问：“他为什么会盯上这个？”对于一位宝石大盗而言，将目标锁定在刀身上，其中一定暗藏玄机。关西名侦探服部平次也向怪盗基德放出狠话，二人在月光下拔刀开战，平次脑中一闪而过的远山和叶，让人回想起平次与基德二人曾经的“一吻之仇”。刀光剑影之下，平次关键一击划破了基德的帽檐与眼镜，怪盗尴尬地露出半张脸，他的真实身份是否会因此暴露？其背后又藏着怎样的真相？

小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。 为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染

宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物，在这个世界上，既有与人类共同生活的宝可梦，也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区，形单影只的皮丘遇见了袋兽母子，此后便与他们共同生活，并最终进化成了皮卡丘。几年后，生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到大木博士的邀请，参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。在此，小智在追逐幻之宝可梦洛奇亚的过程中与小豪相遇了。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了