在沙漠城市玖楼国，少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身份问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。为了拯救小樱，小狼带着小樱与新结识的法伊和黑钢踏上了在不同次元甚至不同时间寻找羽毛的征程，而飞王也在密切关注着事情的进展。只是主人公四人不会想到，这一切的一切，都是一个巨大的阴谋。

警笛尖锐的鸣叫……警察和记者在黑暗的夜晚飞速的奔跑……雕刻着天使的塔顶上出现了两个背上长着翅膀的人影在激烈的战斗。拥有恶魔翅膀的怪盗Dark和拥有天使翅膀的Krad拼尽一般在塔内激战，Krad在Dark的事先预谋下被打进了具有封锁力量的黑耀石。当指针指到12点正的时刻，Dark将Krad封印在黑耀石里面。然而，Krad和Dark是同一个人的不同两面，当Krad被封印的同时，Dark也被同时封印。40年之后，在爷爷和妈妈的努力下，被封印了的Dark在14岁的丹羽大助身上觉醒。其觉醒的关键居然是大助喜欢的女生