故事发生在战国时代，出生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎（加藤清史郎 饰），肩负着父母的期望进入了一流忍者学校——忍术学园——学习。该学园最早由天才忍者大川平次涡正（平干二朗 饰）创立，如今他虽年事已高，却仍然武功高超，而且搞怪不断。他更带领忍者学园与死对头稗田八方斋（松方弘树 饰）展开了连番激斗。忍术学园的学生们被称为“忍者之蛋”（简称“忍蛋”），乱太郎被编入一年叶组（一年は组），在此他结识了富商之子新兵卫（木村风太 饰）和父母双双阵亡的雾丸（林辽威 饰），三个小家伙结成了情深意笃的三人组，从此开始了他们

内向老实的高中生天童纯自幼生长在美丽舒适的京都，某天他突然遭到一个恶鬼的袭击，仓皇之中跑入一座古寺，得到了僧人源云的救助。俄而竟被源云带到了久远的平安时代。原来平安时代恶鬼横行，与人类展开了连番的战争。为了消灭饿鬼，源云穿越时空带来了被称作救世主的天童。在最新的战斗中，天童为救助伙伴无意中唤醒了号称能摧毁恶鬼们的八岐大蛇。偶然的机会，他和大蛇救下了被贵族追杀的恶鬼水叶，由此发现了恶鬼的真面目，而他作为救世主的信念也遭到了动摇……