《大敦煌》采用宋代、清末和民国三个历史阶段的创作形式，以一部金字大藏经的命运为贯穿，反映了千年敦煌的形成、发展、辉煌、衰败、重生的过程。《大敦煌》以敦煌“藏宝、夺宝、护宝”三个颇具神秘传奇色彩的故事搭建了敦煌文化辉煌、劫难、重生的三部曲结构。陈家林导演形象的比喻：上部是倾国倾城的妙龄少女；中部是身世坎坷的柔弱女子；下部是觉悟成熟的坚强女人。《大敦煌》一部传奇色彩的历史正剧，一部优美悲壮的艺术史诗。

上世纪二十年代末，中国大地军阀混战，百姓民不聊生，中国南部一个名叫“孝城”的小县城发生了一件大事，孝城首富郭守业郭老爷家发生了一起盗窃案，丢失了一本家传古书《二十四孝》，郭老爷悬赏重金欲寻回古书，孝城干探陈九斤与线人万小宝几经周折找回古书，却在回警局领赏的时候发现古书离奇失踪，而且陈九斤因涉嫌杀害同事盗取古书被警察局长潘德江羁押，万小宝也因涉嫌同谋被通缉。

影片讲述善良朴实的豫西人用永不言败的民族精神和中国农民独有的智慧，利用地坑院的独特地理环境和鬼子斗智斗勇，最终用悲壮的结局展示了中国人不甘做亡国奴，从心理对抗到奋起斗争的故事……