故事以明朝中期为背景，太监曹少钦掌管锦衣卫和东厂特务机关，权重一时。他迫害兵部尚书于谦后，为斩草除根，又派东厂特务去杀害于谦流放在北疆的儿女。在要塞地龙门客栈里，于谦前心腹萧少兹、客栈掌柜吴宁和前部将朱将军的儿女朱骥、朱辉等正派人士与东厂展开了一场激烈的血腥杀戮，最终消灭了曹太监等人。

故事发生在明朝末年，东厂督公魏忠贤（李立群 饰）手握天下大权意欲称王，御林军总教头周淮安（马景涛 饰）和侠女邱莫言（陈红 饰）同信王朱由检（郭晋安 饰）结盟，里应外合想要推翻魏忠贤的暴政。得知了他们的计划，魏忠贤派出刺客想要出掉朱由检，无奈之下，朱由检踏上逃亡旅途，并和另外两人相约相见于龙门客栈，从长计议。周淮安一行人抵达龙门客栈，哪知道刚出虎口，便落入了狼窝。客栈掌柜金湘玉（夏文汐 饰）亦正亦邪令人捉摸不透，将周淮安等人玩弄于鼓掌之间毫不费劲。随着时间的推移，金湘玉爱上了侠肝义胆的周淮安，而周淮安和门当

TVBS首部自制概念剧《飞越龙门客栈》改编自知名导演徐克的电影《新龙门客栈》，堪称是现代版的《新龙门客栈》。该戏不仅斥资5000万打造，电影版中张曼玉所饰演的金湘玉一角，在现代版更请到陈怡蓉来出马，让她笑说：“看来这次得到酒店观摩一下了。”

明朝中叶，宦官专政，民不聊生。 因一份神秘圣旨，东海将领周淮安护孤女曲灵来到龙门岛上的龙门客栈，等待中元节奉旨交人。 龙门客栈中，江湖际会，暗流涌动。东西两厂轮番上阵，掌柜金镶玉百般试探，刺客邱莫言从中搅局，周淮安深感此行目的愈发扑朔迷离。 中元节将至，龙门岛世代血咒惊现仙药之迷，东厂冯督主为谋得仙药杀害曲灵。 周淮安为家族荣耀顺从野心勃勃冯督主还是秉持内心正义奋起反抗? 一场正义与邪恶的生死较量就此展开。