电影讲述了1882年的广东，时局动荡，内忧外患。在广州，湖广商会为了争夺与英商布朗的合作权办了一场擂台赛。梁宽来到擂台替师弟出头，谁知这竟然是英商布朗的阴谋，狂化了的鬼脚七像猛兽一般竟要置梁宽于死地。这时黄飞鸿及时出现救下梁宽，谜底则一点点揭开，英国人来到中国的目的居然是为了制造“战争机器”。而飞鸿一等人这时才刚刚察觉到，这一切的幕后主使另有其人。

姚澜年近三十三，终于迎来自己的婚礼，却突然遭遇新郎田坤的前女友抢婚，气的她取消婚礼愤然离开。谁知这桩闹事竟意外促成了姚澜和大男孩陆小贝的不解之缘。虽然他们年龄相差八岁，但是陆小贝充满活力和浪漫，姚澜拥有成熟与稳重，这使得两人深深地互相吸引。不过理智告诉姚澜不能沉溺于这种盲目的激情，现实中姐弟恋的诸多问题也接二连三暴露出来：价值观差异、生活节奏不合拍、家人集体反对等等。这一切令姚澜疲惫不堪，最终忍痛与陆小贝分手。后来姚澜重遇田坤，两人冰释前嫌。田坤欣赏并理解姚澜，请求和她共度人生。就在这时陆小贝回来了，风雨

甲午战败，丧权辱国的《马关条约》签订后，日本尝到甜头，又想武力强占东沙群岛，进而吞并西沙群岛、南沙群岛。军机大臣张之洞坚决主战，并以钦差大臣的身份前往广州整军备战，于是成为日本人的眼中钉。 日本人知道以慈禧为首的大清当权派根本不敢再战，怎奈民怨沸腾，才态度暧昧，放任张之洞便宜从事。因此他们想摆平张之洞，又不敢明目张胆的自己动手，怕激起更大的民愤，到时清廷不想战也得战了。于是以服部一郎、川岛雪姬为首的日本杀手秘密组织——神奈社，买通白莲教，抓走张之洞大人。 黄飞鸿和他的徒弟们以身犯险查询线索、开始了营救张之

晚清时期，外来入侵，国家内忧外患，民不聊生。黄飞鸿面对列强的压迫，依旧弘扬中国文化，保护民族信仰，与外来者的打击坚持抗争。在这样一个社会动荡的时期，北拳宗师吴镇南，初入佛山北拳南传，却屡屡碰壁，面对黄飞鸿的盛情款待，吴镇南却不愿接受他的帮助。就在这个时候，洋人趁火打劫，把药品研究用在了吴镇南身上，导致两人矛盾再度激化，面对洋人的利用和威胁，吴镇南不得不和黄飞鸿展开激烈的一战。被洋人雇佣来协助研究项目的女孩路小月在秘密研究项目中也慢慢了解到洋人的残暴实验，渐渐地看清了洋人计划，危险一触即发。。。

一日，黄飞鸿与众徒弟前往茶楼饮茶，见到父女两人在外卖艺。黄飞鸿甚为欣赏，遂命徒弟打了赏钱。父女二人上前道谢，认出了大名鼎鼎的黄飞鸿师傅。夜晚，父女二人无意间听到俩僧人在谈论黄飞鸿的只言片语，就一路跟踪到能仁寺。在寺庙内，两人发现朝廷的捕快正和僧人在商议贩卖人口的计策。但不料行踪被发现，结果父亲被打伤，女儿只好逃出去向黄飞鸿求救…

清朝末年，林世荣来到广州，成为一名屠夫，外号“猪肉荣”。一次，林世荣因抗拒阿太前来猪肉摊收保护费，与阿太成了不打不相识的朋友，并得知阿太正在悄悄拉帮结派，为的是对付几个明里开武馆、暗里收集情报的日本人。林世荣与阿太联手，经一番恶战，终将日本人的阴谋粉粹，阿太为此牺牲，林世荣决定拜黄飞鸿为师，练好功夫，为保护百姓出力。

黄飞鸿（李连杰 饰），十三姨（关之琳 饰）和鬼脚七（熊欣欣 饰）三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏（陈国邦 饰）在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利（Jeff Wolfe 饰），不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一己之力予以华工帮助。失去记忆的黄飞鸿被印第安

王麒英文武双全，尤以十字拳及无影脚名震江湖，使歹徒闻之胆怯，麒英桃李满门，惜独得一子飞鸿，故麒英对飞鸿爱护有加，徒儿之中，有名术赤浪者，为人精明勤奋。好学不倦，深得同门敬重，然后麒英却深察术性冷情绝，实不宜学习中国武术，恐于学成后祸己害人，送赠金使其引退，然而术却误认英对己心存偏见，一怒而去。 时光飞逝，当飞鸿及冠而尚于赏花门之年。麒英见焦故舞弊。英猝然而去。飞鸿被迫继承父业，承担主持宝芝林业务。因飞鸿年少招致同门大师兄威不满，以资历经验为大前提，迫黄飞鸿退位，否则将以武力解决，飞鸿本志不此，然好胜贪玩与

石三姨从西洋留学归来，告诉黄飞鸿外面的世界很大，希望他可以出去闯荡一番，提出让宝芝林去省城发展。两广提督傅振邦的一名部下，因手中握有八爷贪污的证据，被八爷灭门，所幸部下的两个孩子逃过一劫，两个孩子拿着账本奔赴省城找傅振邦求救，八爷命虎鲨帮追杀两姐弟，巧合中两姐弟被鬼脚七和红玉所救，两姐弟无处可去，被鬼脚七好心收留照顾。虎鲨帮找准了机会再次下手，绑走了两姐弟，鬼脚七也被殴打身受重伤。黄飞鸿带众弟子闯入虎鲨帮救人，正在双方混战的紧张之际，雪莉之父傅振邦派兵来救，解了众人之围。几番相救，让鬼脚七深表感激，他敬佩

清末，宝芝林所在的广东地区出现饥荒，不料朝廷的赈灾银两却被一伙不知名的贼人所劫。黄麒英和知府到现场查探，根据在案发现场得到的蝙蝠形状的飞镖，判断此案有可能是江洋大盗黑蝙蝠所为。真正的黑蝙蝠（李淮南）知道自己被人嫁祸，也带着跟班梁宽来到广东，希望暗中调查，为自己洗脱冤屈。他一方面以医生的身份救济灾民，一方面以黑蝙蝠的身份，劫富济贫，暗夜来到各大商行和知府家中，逼迫他们捐出银两，来解除广东的灾情，商行和知府惶惶不可终日，只得捐出大量银两。其实，假冒黑蝙蝠，劫走赈灾款的幕后真凶是八王爷，他企图用劫来的银两购买武