战斗中负伤而下身瘫痪的前海军战士杰克•萨利决定替死去的同胞哥哥来到潘多拉星操纵格蕾丝博士用人类基因与当地纳美部族基因结合创造出的 “阿凡达” 混血生物。杰克的目的是打入纳美部落，外交说服他们自愿离开世代居住的家园，从而SecFor公司可砍伐殆尽该地区的原始森林，开采地下昂贵的“不可得”矿。在探索潘多拉星的过程中，杰克遇到了纳美部落的公主娜蒂瑞，向她学习了纳美人的生存技能与对待自然的态度。与此同时，SecFor公司的经理和军方代表上校迈尔斯逐渐丧失耐心，决定诉诸武力驱赶纳美人。

在未来世界中，人类为获取另一星球——潘多拉星球资源，启动了阿凡达计划，并以人类与纳美人（潘多拉星球土著）的DNA混血，培养出身高近3米高的“阿凡达”，以方便在潘多拉星球生存及开采矿产。受伤的退役军人杰克，同意接受实验并以他的阿凡达来到天堂般的潘多拉星球。然而，在这唯美幽境里，地上爬的、天上飞的、土里钻的生物却只只巨大且致命……杰克背负重任，身处险境中，在与纳美人首次意外接触后，虽然开启了沟通的可能，却也即将面临一场异想不到、浩瀚壮烈的世纪冲突，从中他也将获得空前启示……

故事发生十多年后。曾经的截瘫的前海军士兵杰克·萨利（萨姆·沃辛顿 饰）永久变身为拥有地球人基因和纳威人基因的“阿凡达”，并与奥马蒂卡亚部落的族长之女奈蒂莉（佐伊·索尔达娜 饰）结为夫妇。杰克已经完全适应了他的新身体和族长的身份，并和奈蒂莉有了三个孩子，还收养了格蕾丝留下的女儿琪莉（西格妮·韦弗 饰）。原本，将地球人赶走后，杰克一家与族人过上了田园牧歌般的生活。然而，原本死去的迈尔斯·库里奇上校（史蒂芬·朗 饰）化身阿凡达重新归来，一心要找杰克和奈蒂莉复仇。为了族人的安危，也为了保护孩子，杰克决定带着家人离