一支精英小队正在执行反恐任务时，一艘外星飞船突然闯进战场用外星科技迷晕并绑走了在场的所有的士兵，地球士兵们醒来后发现自己身处一个神秘的黑色场所，该环境如同水族馆般封闭，带有一种恐怖屋的氛围。士兵们逐渐意识到自己被关押在一个由未知势力控制的设施中，随着对飞船探索的推进，众人发现且这艘设施是一个巨大的外星飞船，专门用来运输战利品人类。随着众人的探索影片背景故事逐渐显现：外星人通过1977年的NASA探测器（可能是旅行者号）发现了地球位置，并发动了入侵。小队则是被外星人抓来进行战争模拟的实验品。小队还发现外星人

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中……另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为