六年前，太子在海珠村为皇帝寻找极品南珠作为寿礼，逼迫沈玉珠之父在严寒中下海采珠。沈父拼死采得绝世南珠后重伤，太子却无视其生死，拿走珍珠扬长而去，导致沈父吐血身亡。沈玉珠安葬父亲后，立誓要为父亲及全村讨回公道。

海上丝路新一代的守护精灵南珠宝宝，承继祖先遗志，为了寻找夜明珠并封印破坏海上丝路安宁的海怪，他和精灵导师贝贝及好伙伴海马宝宝一起沿着古代海上丝路的沿线各国，重走海上丝路。一路上，南珠宝宝与伙伴们与海怪斗智斗勇、与海盗周旋、与各国形形色色人物接触，从而展开引人入胜的奇幻冒险之旅。