超强押运人弗兰克·马丁近期的工作是接送缉毒官员比林斯先生的小儿子杰克，弗兰克与杰克母子相处和谐，但一伙歹徒的突然出现打破了平静，弗拉克与他们在医院首次交手顺利脱险，可为了杰克的安全着想，弗兰克不得不把孩子送到对方手中，并因此被警方确认为绑架嫌犯。弗兰克发觉这次绑架另有深意，策划此次事件的幕后贩毒集团意在通过小杰克将致命病毒传染给参加国际会议的各国缉毒组织高官。

戴积瑞有一对阴阳眼，能看到出没在身边的鬼魂。他与PJ、PentlyMay是公司同事。戴积瑞常与女友家宝斗嘴，但其实彼此都是爱着对方的。这天，May带上自己的朋友森女（与其他5人一起到度假村度假。到了度假屋以后，戴积瑞与家宝依旧吵个不停。但没想到刚刚入夜，戴积瑞忽然烧炭自杀，剩下的人马上联想到积瑞下...

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相。

一个神秘的军事组织，通过改变基因将普通人改造为体能、反应和速度都远远高于常人的生物武器，并将它们贩卖给黑帮组织。强风就是其中的一员，可是，善良的他并不愿意助纣为虐，而是选择逃离了组织的控制，化身为惩恶扬善的“黑侠”，在世界各地弘扬正义。军事组织的首领宙斯得知了强风逃跑的消息，派出了冷血残酷的杀手梁，想要将强风捉拿归案。与此同时，一位疯狂的科学家企图将人类和动物的基因结合在一起创造出新的物种，结果可想而知，他得到的是一群半人半兽的怪物。科学家得知强风的血液能够帮助他走出研究的困境，于是亦对强风展开了追捕。

盖瑞在球场上遇见了布鲁克并对她一见钟情。两人很快同居了。不久两人就在各种生活的琐碎事情中矛盾重重，艺术家气质的布鲁克看不惯盖瑞的不拘小节，矛盾再一次升级，布鲁克提出分手。由于房子是共同的财产，他们都没有搬离房子。布鲁克不断约会帅气的男孩，盖瑞也把屋子弄得乌烟瘴气，更带脱衣女郎回家，但彼此心中还是爱着对方。在朋友的劝解下，他们出售了房子，并要在两个星期之内搬走。凡事粗心的盖瑞终于在与朋友的聊天中得知了布鲁克的真实想法，当他想布鲁克剖白心意的时候，却遭到了布鲁克的拒绝……

早已过了而立之年的哈尔相貌平平，却喜欢追逐美女。直到他受到了某位专家的催眠，改变他以貌取人的的毛病，他观赏美女的的眼光竟然开始了很大程度上的的下降，后来他甚至爱上了体重达到150公斤的露丝玛丽，哈尔全然不介意露丝玛丽笨重的身材，他感觉自己的女友是最善良的人，无可救药的彻底爱上了对方。好友马里西奥不忍哈尔有个相貌如此不堪的女友，经想方设法要破除掉施用在哈尔身上的催眠术

警方设立一个名为“2002”的部门，专门对付祸害人间的游魂野鬼。部门内潮是拥有阴阳眼的人类，Sam则是个鬼魂，整个部门便由这一人一鬼组成。期间他们遇到了形形式式的加害人类的鬼魂，并一一收复了。后来潮受死去的四婆所托，帮忙照顾住院中的孙女Rain。潮爱上了医院中的一名护士。但他要专心与Sam一起对付水鬼，这场争斗将决定他们的生死。

恶名昭彰的大盗路瑟逃狱成功，号召昔日狐群狗党巴克一票合组五人帮，准备重出江湖洗劫墨西哥银行。他们相约德州边境的野狼汽车旅馆；路瑟在赶往旅馆会合途中，半路遭吸血鬼一口咬定，变身吸血一族。于是，五人相见欢，口口相传，只差巴克没被染指。吸血鬼抢银行超狠、超凶、超猛，警察的子弹完全没路用，吸血鬼个个原形毕露，巴克这才发现苗头不对，赶紧联手警察头头，展开人鬼大战

四年前的纽约市，蟑螂扩散的病毒造成瘟疫，差点将市内儿童灭绝，在公立学校任教的昆虫专家想出以毒攻毒方法，利用蚂蚁及白蚁的DNA研制一种取名“犹太”的新品种蟑螂，借着“犹太”体内的特殊分泌消灭蟑螂的体液，利用它们充当诱饵出卖肆虐的同类，“犹太”潜入蟑螂邋遢的栖息地把带菌蟑螂一网打尽，病毒最后得以控制。

华尔街一间热闹的信托银行，某日突然闯进了4名劫匪，挟持了包括银行员工在内的50名。这伙匪徒是在他们的首领道尔顿的远程指挥下行事的。道尔顿心思紧密、狡猾多疑，他让人质都穿上和匪徒一样的服饰，戴上和匪徒一样的面罩，以此来迷惑警方的狙击手和特种部队。警方一时亦无可奈何。