星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在进取号星舰的护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸进取号…

在另一时空，索伦博士正阴谋毁灭星球，攻击进取号。唯一能够帮助新舰长皮卡德来阻止索伦的，只有销声匿迹了78年的柯克船长。

进取号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡德接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡德曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡德不顾命令，仍然参与战斗，之后进取号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。

皮卡德舰长获知数据中尉在巴库星球被掳为人质后立刻率进取号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；数据被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。

柯克船长（克里斯·派恩 饰）带领企业号继续踏上宇宙探索的旅程，他向老骨头（卡尔·厄本 饰）讲述了自己对于船长身份的忧虑，而在他与最好的朋友史波克（扎克瑞·昆图 饰）互诉衷肠前，他们又接到了一个紧急救援的任务。而神秘敌人剋劳（伊德瑞斯·艾尔巴 饰）开始攻击企业号，而幸存的企业号成员也分散至一个行星上求生。

在尼比鲁星球探查期间，企业号舰长柯克（克里斯·派恩 饰）为营救史波克（扎克瑞·昆图 饰）采取了胆大妄为的举动，几乎危及全舰队员的生命，他也为此付出代价。不久，柯克官复原职，而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件。该事件的始作俑者约翰·哈里森（本尼迪克特·康伯巴奇 饰）正来自联盟内部。此后他驾驶飞机袭击了高层会议，柯克最为敬重的派克将军不幸遇难。为了阻止哈里森的外逃阴谋，柯克重新率领企业号启程追击。危机重重的旅途，他和舰员、朋友之间的信任也受到巨大考验。

曾经，史蒂芬亦是怀揣着保家卫国的热血理想参军踏上了战场，然而，知道真正的身处于炮火之中时，史蒂芬才发现，战争，无论对于己方还是敌人，都是一场惨无人道的酷刑。史蒂夫幸运的成为了战场上的幸存者，返回了家乡，没想到这里一切早已物是人非，史蒂芬决定依靠自己的双手，重建家园。史蒂芬有两个孩子，在孩子们眼中，浴战火而重生的父亲显然就是英雄的典范，可是史蒂芬却想向孩子们揭开战争的残酷本质。两个孩子在一颗大树上建造了一间树屋作为秘密基地，没想到这间树屋却成为了另一场战争的导火索。

正义的反法西斯联军和纳粹法西斯德军在撒哈拉沙漠为了一口干枯的水井作战。想想：两只军队为了一口干枯的水井兵戈相见、殊死搏斗。为什么呢？联军知道水井里面没有水，但是不能放弃那道防线。不然，德军会越过防线威胁到更多的联军。可是，联军经过轮战斗后只剩下了9个人，并且弹药缺乏，只是以一所沙漠中破旧的古迹清真寺做掩护。再看看德军，他们有精良的装备、充分的弹药，人数上占绝对优势，900人左右。虽然，他们缺乏水。但是，这个巨大的悬殊，1：100的战斗对抗！不禁让人胆颤。经过激烈的战斗，联军胜利了！只剩下了两个人。

2013年，美国洛杉矶发生9.6级大地震，并与美国大陆分裂，成为小岛。美革命分子在岛上成立一支叛变军队，而美国总统更将所有罪犯放遂在这三不管的九反之地。然而总统女儿亦被叛军掳走，因此总统找来斯内克潜入城内，救回女儿并将开启核弹的钥匙夺回。

当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰•哈蒙德曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士，邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。